英法联军离开北京后，奕䜣终于没有看到咸丰帝的回銮，却见到了他的遗诏，等来了他的死讯。遗诏是咸丰十一年（1861年）七月十七日发至北京的，头一天得知其病危的消息，并见到咸丰帝的两件谕旨，一件是立载淳为皇太子的谕旨，另一件是宣派载垣、端华、景寿、肃顺、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛为赞襄一切政务顾命大臣的谕旨。
同日还接到咸丰帝的另一道谕旨，即安排咸丰帝的丧仪，其中明言奕䜣不必前往热河奔丧，只派陈孚恩前往行在。
七月十八、十九两日得到的几道谕旨，使奕䜣失望而愤恨。
这些谕旨究竟出自咸丰帝还是肃顺等人，奕䜣是表示怀疑的。如果说立太子、派顾命的谕旨是咸丰帝所拟，而安排丧仪的诏书就肯定不会是出自咸丰帝之手了。既然肃顺等敢以皇帝之名拟丧仪之诏，那么安排顾命等折不是他们的矫诏也一定是他们的参与或撺掇。作为咸丰帝的血亲，未列顾命都是不合常理的，况且遗诏几乎不提奕䜣的好处，只言随扈大臣“和衷共济”的功劳。更让他恼恨的是，他曾恳切地要求去看望病中的皇兄即久离京师的皇帝，而被再三拒绝，如今皇帝驾崩了，他连前往奔丧的资格也被剥夺了。
如此显眼的问题，谁都看得出。几天后热河便有人向奕䜣密报，遗折是肃顺等顾命大臣“承写”的。接着就有不少流言，皆说肃顺等人作了手脚，排斥了恭亲王。奕䜣明白，排斥他的自然也包括咸丰帝，但他如今恨的是肃顺，皇帝已驾崩，爱恨皆无所谓了。
慈禧和慈安的被逼结盟
恭亲王奕䜣与咸丰帝、肃顺等反复龃龉争斗的同时，热河行宫内的另一位发动政变的主角叶赫那拉氏更是焦急不安。
咸丰帝驾崩后，顾命大臣控制了政局，对她来说是一个致命的打击。她心里很明白，如果肃顺一伙真正执掌政柄，不仅没有她的政治地位，恐怕连生命安全亦无保证。诚然，当今天子是她亲生的，也是她和咸丰帝惟一的儿子。她曾因生此子母以子贵，被晋为贵妃。但她更清楚，肃顺等人却非贤良温和之辈。
她曾风闻咸丰帝生前，肃顺曾建议咸丰帝仿行汉武帝杀母留子的钩弋故事，免得日后皇太后专权。据传，钩弋故事因咸丰帝的恻隐之心没有重演，但咸丰帝驾崩后肃顺掌握了政柄，这对她的威胁之大，是可想而知的。为了日后的政治权力，更为了眼前能保住生命，她决心和肃顺集团以死相搏。
以肃顺为首的政敌是强大的，以一女子要打败强大的对手根本不堪闻问。眼前的盟友是慈安太后，但慈安太后生性安静、随和，毫无政治欲望。肃顺等人非常跋扈，自咸丰帝驾崩后他们出入禁宫，不把两宫皇太后放在眼里，使慈安太后极为不满。加上慈禧太后的极力拉拢，慈安太后也不知不觉地被卷进了这场惊心动魄的权力斗争中。
十八日，在举行完皇帝大殓奠礼后，以6岁的小皇帝名义尊称叶赫那拉氏为皇太后（前一天已尊钮祜禄氏为皇太后）。接着。八大臣依礼见两宫皇太后时，提出关于以后诏书的处理方式。肃顺提出奏章皆由八大臣共同处理，不呈太后阅览；谕旨由八大臣拟定，请太后钤印，但无“朱批”权，不得更改。这就是说，太后无任何处理奏折和谕旨的权力，仅仅是掌印工具而已。
两宫太后不同意，坚持奏章由八大臣呈进太后批阅，谕旨亦必须由太后认可，而后方可钤印生效。经过一番争论，八大臣方认可。
既然奏章和谕旨的审批权由太后分得了一半，而谕旨上又得加盖“御赏”和“同道堂”两方大印才可生效。“御赏”在清文宗生前已赐予钮祜禄氏掌握；“同道堂”赐予皇位的惟一继承人载淳。慈禧太后深知这颗印章的分量，因此在咸丰帝驾崩后立即把属于儿子的“同道堂”章抓在自己手里。两宫控制了大印，这就使八大臣的权力受到了有力的钳制。而经过争议，谕旨与奏折又要由两宫皇太后与顾命八大臣共同处理，实际上在热河行宫已产生了顾命与垂帘的双重体制。
肃顺等人以为即使放点权给慈禧太后也没什么了不起，当时她只有27岁，而慈安仅仅25岁。这两个年轻女子不谙政事，肃顺等人不放在眼里。然而，由于他们判断的失误，造成了永难挽回的后果。
慈禧、慈安与恭亲王的结盟
慈禧太后知道，仅靠她与慈安太后的力量，确实难与八大臣等抗衡，她们必须有强有力的援助结为同盟，才有推翻肃顺集团的可能。她知道首先能结为同盟的便是恭亲王奕䜣，必须设法与恭亲王密商，议成大事。但是，八大臣一直阻挠恭亲王前往热河，这就必须推翻八大臣的阻挡，使恭亲王前来热河。一是因为两宫皇太后的抗争，再是八大臣权力再大，总不让恭亲王依礼前往热河吊唁异母亡兄咸丰帝是不可能的，这是违反君臣礼制和亲情的，八大臣只好同意了恭亲王前往热河行宫。
七月二十五日（8月30日），恭亲王奏准赴热河叩谒梓宫。
八月初一日（9月5日），恭亲王到达热河，在“伏地大恸”之后，又获得两宫皇太后单独接见之机会。肃顺等原想阻止，恭亲王自请由载垣、端华等与他一起入见，反而让八大臣放松了警惕，遂给了亲王与太后密谋之机。
这次密谋对辛酉政变的发生起到了至关重要的作用。召见了“一时许”，即两个小时左右，这么长时间的密谋，已把将来推翻八大臣，发动宫廷政变等计划谋定了。
其内容从两宫皇太后方面说，揭露肃顺集团的跋扈情形，要求恭亲王联合京内大臣，诛灭肃顺及其党羽。她们的表示及切齿控诉，给恭亲王发动政变下定了最后的决心。而恭亲王则向她们交待了逮捕肃顺等人的大体计划和成功的可能性。最终，恭亲王认为下手的地点必须在北京，因为恭亲王的力量和布置全在北京；再是向她们说明北京的外国人不会干预阻挠他们逮捕肃顺，更不会对她们有什么冒犯行为。奕䜣信誓旦旦向两宫太后表示：“外国无异议，如有难，唯奴才是问。”奕䜣留热6天。在这6天中，他力图给肃顺等人平和之感；而暗中却在侦察肃顺集团的虚实。总之，奕䜣来热河谋定了政变计划，却给肃顺等人“所行均惬人意”的印象。
奕䜣回京前，劝两宫“主持坚定”，早定回京日期。而在他回京之前已得到太后回京的大约日期，即为九月初或再晚一些。
奕䜣在北京的谋划与两宫听政的合理性
奕䜣返京之前，已组织起了政变的班子。实际上，咸丰帝一驾崩，继位的载淳年龄尚幼，凡有一定地位的军政大臣都在选择着自己未来的立场。而在亲王中奕䜣最有影响，肃顺又很跋扈，所以多数都选择了奕䜣，“朝士不满端、肃者较多”。在留京办事的一年多里，奕䜣已把一大批大臣团聚在自己的周围，如桂良、文祥、宝鋆、贾桢、周祖培、赵光、翁心存等。这些人或是大学士，或为总理衙门大臣，或为各部尚书侍郎，皆朝中举足轻重者。而在军队方面有手握京畿兵权的胜保，他曾为肃顺等人所打击，屡上奏折对肃顺等予以攻击不遗余力。
如今不待朝命即率兵回京，屯驻京郊密云，把军队向热河延伸布置，显然把矛头指向了肃顺等人。其他如刑部尚书绵森、兵部尚书沈兆霖等，以及一大批军机章京，无不站在奕䜣一边，都想推倒肃顺集团。
在奕䜣即将离热之际，大学士周祖培嘱托门客李慈铭检索历代贤后临朝先例进呈，这是政变发动的序幕，明显是要为太后垂帘听政找根据。李慈铭遂列举出汉代和帝皇后、顺帝皇后、晋代康帝皇后、辽代景宗皇后、兴宗皇后、宋代真宗皇后、仁宗皇后、英宗皇后，计8位临朝皇后的事迹，书其名曰《临朝备考录》，以影射今日政局亦当实行垂帘。
随之，周祖培又示意董元醇直接上书，请求“太后垂帘，亲贤夹辅”，明显是要求太后垂帘，由奕䜣辅政。
初七日，即奕䜣回京离开热河那天，八大臣宣布次年建元“祺祥”诏令，以此抑制董元醇的奏折；同时明发上谕，把不待君命即离开直隶北上热河的胜保“交部议处”；却向僧格林沁发去一函，示意他也可模仿胜保，例外地前来热河（咸丰帝病崩后，曾发过不许带兵大员奔丧的廷寄），这又显然是拉拢僧格林沁，以对抗胜保。
董元醇的奏折是这场宫廷斗争的引线。初九日，董折递上，两太后得此折留中不发；肃顺等催要董折，两太后扣住不放。八月十一日（9月15日）两宫太后携幼帝特召八大臣举行赞襄政务王大臣会议，明确表示准备接受奏折要求，实行垂帘制度，于是，双方开始了短兵相接。肃顺等声称“本朝无太后垂帘故事”，“祖制不可违”，主张严加批驳董元醇的奏折。
载垣等直言：“臣等系赞襄幼主，不能听命皇太后，请皇太后看折亦为多事。”杜翰也毫无顾忌地言称：两宫若听信垂帘之言，“臣不能奉命”。在这事关生死的争斗中，八大臣根本不把寡母与孺子放在眼里，亦不顾人臣之礼数。慈禧太后闻言见状，只气得“手颤不已”。肃顺等人更加恣意咆哮，“声震殿陛，天子惊怖，至于啼泣，遗溺后衣”。
小皇帝吓得把尿撒在慈安太后的衣服上，八大臣依然毫不留情，仍逼迫两宫拟写谕旨，明发上谕痛驳董元醇。慈禧太后只好发下董折，让八大臣拟旨。初稿由军机章京拟出，八大臣阅后认为尚未达意，乃由焦佑瀛修改重拟。焦稿措辞凌厉，咄咄逼人，一层仍申祖训，强调垂帘之非；二层批驳简派亲王辅弼，违反咸丰帝遗诏，“是诚何心？所奏尤不可行”，把矛头直接指向奕䜣。
两宫阅后，拒不加钤，谕旨仍是迟迟难得下发。郑亲王端华愤怒地面见两宫皇太后，两宫只说：“留着，明日再说。”第二天，两宫仍旧坚持不加印。而八大臣便以集体罢职不办事相威逼，封建政权的中枢机器停止了运转。慈安太后见事态严重，坚持到中午，只好劝说慈禧太后在谕旨上盖了印。八大臣取得了第一回合的胜利，个个笑逐颜开。
肃顺等人的大意
正当八大臣陶醉于胜利的喜悦之中时，奕訢与两宫太后正做着发动政变，除掉他们的准备。
以后的一段时间，热河、北京都出奇的平静。
八月十四日晚间，胜保抵达热河，叩谒梓宫，此前曾上折要求给予处分，承认自己违背体制。他既不要求见太后，亦未被太后召见。胜保是奕䜣、慈禧太后发动政变的军事后盾，尚如此顺服，八大臣更是放心了。
回到北京的奕䜣，也只谈梓官即将还京，皇太后及新皇上圣体均甚健康，绝口不提垂帘之事。已退休的前大学士祁隽藻从保定寄来函件，申说垂帘不合清朝家法，奕䜣也不予解释，似乎是承认了要求垂帘的错误。于是，京中臣工也开始谈论垂帘之非，董元醇或将遭严谴。就连奕䜣的身边心腹也以为垂帘之事将罢，垂头丧气起来。
京城的平静传到热河，八大臣心里更踏实了，于是，便放手做回京准备。
九月四日，两宫太后谕令端华补授工部尚书、步兵统领、热河行在步兵统领。这个举措可能意在进一步稳定八大臣而行韬晦之计。但端华受命后，却与载垣、肃顺面见太后，以所兼差务繁忙，要求减去兼职。他们的本意在于自谦，或表功报苦，却正好给了慈禧太后一个机会，她迅速明发上谕，同意肃顺等人所请，免去端华的步兵统领、肃顺的管理理藩院、载垣的套仪卫上虞备用处等职，而步兵统领当即由慈禧太后委任给奕譞，如此轻而易举地夺回了京城禁军的兵权。
八大臣已拟定了回京日期，为九月二十三日辰时。回銮日期既定，嫔妃们陆续离开热河，在他们向两宫辞行时，两太后曾哭着说：“若曹幸自脱，我母子未知命在何所？得还京师相见否？”这反映了慈禧太后等发动政变前的紧张心态，究竟鹿死谁手，确难预测。
人员由热河的回京安排，是小皇帝与两宫太后在承德丽正门外恭送梓宫登舆，然后由小道迅速回京，以便在京师准备迎接威丰帝的灵枢。八大臣中的载垣、端华、穆荫、杜翰亦随小皇帝及两宫太后先期回京，而肃顺等随扈梓宫缓行。这个回銮方案对八大臣极为不利，两宫太后先期回京，可与奕䜣等人安排发动政变；而八大臣中的魁首肃顺却不得与载垣等一同返京，这就给慈禧太后、奕䜣发动政变造成了极佳机会。
在京的奕䜣也布置好了一切，他以两宫太后的名义，命令步军统领、神机营统领、前锋护军统领进入战斗状态，复命胜保率兵迎驾。
九月二十三日，一切按预定计划进行。九月二十八日，肃顺还伴随着浩浩荡荡的扈枢车马，蹒跚前进在热河至京师的黄土大道上时，两宫太后带着小皇帝已抄小路安然抵达了京城。脱离险境的两宫太后对着郊迎的京中诸臣涕泪横流，哭诉肃顺等人跋扈不臣的种种罪状。在京诸王、大臣听罢两宫哭诉，无不义愤填膺。当周祖培问道“何不重治其罪”时，慈禧太后还假说：“彼为赞襄大臣，可轻予治罪乎？”其实，拿问肃顺等人的方案，早由慈禧太后、奕䜣等策划妥当了。
咸丰十一年九月三十日（1861年11月2日），是慈禧太后与奕䜣联合发动辛酉政变的日子，也是决定中国以后半个世纪历史发展的日子。要说这次政变的影响，自然是深远的。其中最主要的方面，是慈禧太后从此登上中国历史舞台，由与奕䜣的联合执政，到后来的独揽大权。在封建专制时代，执政者的个人思想、意志、作风等对国家起着决定作用。所以，慈禧太后通过这次政变控制中国政权数十年之久，她的作风与作为对中国历史发展的影响之大，是众所周知的。没有这次政变和慈禧太后在政变中的胜利，中国以后的历史，至少不会与慈禧太后统治时期一样。
为何八大臣斗不过慈禧？
有人愿把奕䜣、慈禧集团与被推翻的肃顺集团相比较，去分析辛酉政变的影响。因为肃顺集团尚未掌握政权就被推翻，如果他们执政究竟会怎样，是说不清楚的。肃顺在朝时，是咸丰帝倚重的人物，他曾对封建政权中的腐败和积弊，进行了大刀阔斧的清除，其作风之凌厉，执法之严猛，在当时是威震朝野的。肃顺的惩治腐败无论对巩固封建统治，还是对风气好转，都有一定积极意义。
但肃顺为人骄横，擅作威福，执法过猛，他的举措令朝臣惴惴不安，关系紧张。而奕䜣则精明强干，但“举止安详，仪表清超”，没有肃顺那般咄咄逼人的气度。然而慈禧太后贪婪的权欲，阴毒的手段，腐败的作风都远远超过肃顺。
奕䜣集团与肃顺集团之间最突出的不同之处，是对外政策和意识的相异。肃顺集团所以撺掇咸丰帝逃往热河而又拒不回銮，根本原因是他们代表了中国长期闭关锁国的传统。他们认为中国的皇帝也是“统驭万国”的天子，一切外国都是“僻居荒远”的“化外”。外国人包括外国的皇帝、外国的公使与中国人不能平起平坐。因此在他们的思想中，完全没有外交政策的基因，只要是外国，要么是与中国不相干之国，要么是向中国皇帝行叩拜礼的进贡之国。
马克思当时曾评论过鸦片战争时的中国和外国，在《鸦片贸易史》一文中说：“在这场决斗中，陈腐世界的代表是激于道义原则，而最现代的社会代表却是为了获得贱买贵卖的特权—这的确是一种悲剧，甚至诗人的幻想也永远不敢创造出这种离奇的悲剧题材。”马克思所说的“这种离奇的悲剧”在于：“陈腐世界的代表”中国，遭受“最现代的社会代表”英国的侵略，“道义原则”却是在“陈腐世界的代表”这一边。而事实上，肃顺集团便是拥有“道义原则”的“陈腐世界的代表”。
在侵略者面前，他们冷眼相视，表现出势不两立的“爱国”态度；然而，他们之所以成为“陈腐世界的代表”，又正好因为他们这种与外国势不两立的态度。由于他们的偏见，造成了中国的封闭，造成了对外部世界的极度无知，而无知又强化了偏见，从而使他们产生了敌视一切外部世界的病态心理，他们虽然持有“道义原则”，在“最现代的社会代表”英法等国面前，只能被动挨打，只能气得暴跳如雷，气得避开而永不予相见。